Em 1993, o banco tornou-se uma empresa pública através de uma oferta pública inicial, IPO.
O NYCB efetuou várias aquisições na década de 2000, comprando o Haven Bancorp por US$ 196 milhões em 2000, o Richmond County Financial em uma transação de US$ 802 milhões em 2001, o gestor de ativos Peter B. Cannell & Co. Bancorp em uma transação de US$ 1,6 bilhão em 2003, o Long Island Financial em uma transação de US$ 70 milhões em 2005, o Atlantic Bank of New York do Banco Nacional da Grécia por US$ 400 milhões em 2006, onze agências em New York York City da Doral Financial Corporation em março de 2007, o Penn Federal Savings Bank por US$ 262 milhões em abril de 2007 (adicionando filiais em East Central e North East New Jersey), e o Synergy Bank of Cranford, New Jersey por US$ 168 milhões em ações em outubro de 2007. Em setembro de 2009, mudou a marca das agências Synergy para Garden State Community Bank.
Em dezembro de 2009, a Federal Deposit Insurance Corporation - FDIC confiscou o AmTrust, um banco sediado em Cleveland, OH, com 66 agências e US$ 13 bilhões em ativos em Ohio, Flórida e Arizona. O NYCB adquirira a Amtrust, que serviu para expandir pela primeira vez a presença de filiais da NYCB fora da área metropolitana de Nova York. Em 2017, o banco vendeu o negócio de hipotecas adquirido com a compra da AmTrust com um lucro de US$ 90 milhões.
Em março de 2010, o Desert Hills Bank de Phoenix, Arizona, com US$ 496 milhões em ativos, foi apreendido pelo FDIC e adquirido pela NYCB.
Em junho de 2012, o NYCB adquiriu os ativos do Aurora Bank do Lehman Brothers.
Em 29 de outubro de 2015, o banco anunciou um acordo de fusão com o Astoria Bank, mas a fusão proposta foi encerrada em dezembro de 2016, após não conseguir obter a aprovação regulatória.
Em 4 de novembro de 2016, a Brooklyn Sports & Entertainment anunciou que o banco havia adquirido os direitos de nomeação do Nassau Coliseum; foi renomeado como "NYCB Live: Home of the Nassau Veterans Memorial Coliseum", devido a acordos que exigem que "Nassau Veterans Memorial Coliseum" permaneça no nome da arena. A NYCB rescindiu seu contrato de naming rights no final de agosto de 2020 devido à incerteza em torno da propriedade após o fechamento em junho de 2020 e o subsequente novo arrendatário.
Em dezembro de 2020, o presidente, CEO e membro do conselho Joseph Ficalora anunciou sua aposentadoria. Thomas Cangemi, Diretor Financeiro da empresa desde 2005, tornou-se presidente e CEO.
Em dezembro de 2022, o NYCB adquiriu o Flagstar Bank.
Em 19 de março de 2023, a NYCB adquiriu US$ 38,4 bilhões em ativos do liquidado Signature Bank em um negócio de US$ 2,7 bilhões, com 40 agências Signature sendo convertidas em locais Flagstar.
Em 6 de fevereiro de 2024, o provedor de classificação de crédito de títulos Moody's Investors Service rebaixou a classificação de crédito da NYCB para o status de "Junk" (lixo), atribuído à sua exposição em empréstimos imobiliários comerciais. O NYCB relatou um prejuízo trimestral de US$ 252 milhões uma semana antes.