Com a companhia em ritmo de crescimento, foi decidido mudar a sede para o Aeroporto Internacional de Rio Branco, que tinha mais estrutura para acompanhar o desenvolvimento da empresa. O nome TAVAJ se tornou referência na aviação local e em 1994 após receber as devidas autorizações do DAC (Departamento de Aviação Civil), o táxi-aéreo passou a ser uma linha aérea, alterando a sua designação para TAVAJ – Transportes Aéreos Regulares S.A.
A frota inicial da ´nova´ aérea regional brasileira era composta por cinco Embraer 110 Bandeirantes. Eles tinham capacidade para acomodar 19 passageiros e eram responsáveis por cumprir voos partindo de Rio Branco para Eirunepé, no Amazonas, e Feijó, Tarauacá e Cruzeiro do Sul, no Acre. Em seus primeiros meses no ar, a TAVAJ obteve uma média de 47% de aproveitamento em seus voos.
Em 1995, a empresa experimentou um ótimo crescimento e ampliou sua frota com a chegada de dois E110 e seu primeiro Fokker 27 MK600 (PT-TVA), que de início foi escalado na “ponte-aérea” acreana entre Rio Branco e Cruzeiro do Sul e também em um novo voo até Manaus. O “Jacaré” (apelido que o Fokker 27 leva) veio da Air UK, empresa aérea do Reino Unido. Ele chegou no Brasil realizando escalas em lugares como a Groenlândia, isso porque o custo de adicionar um tanque extra na aeronave para realizar a travessia sobre o Atlântico entre Dakar e Recife era muito alto e a empresa optou a rota pelo Polo Norte.
Logo no início das operações, o PT-TVA apresentou problemas de manutenção e precisou ficar parado por um período, trazendo prejuízos à companhia. O motivo de todo esse tempo fora de operação foi a falta de recursos para pagar o serviço prestado pela Rolls-Royce. No ano seguinte (1996), a TAVAJ foi surpreendida com uma oferta irrecusável feita pela Bombardier: quatro Dash Q200, com um crédito de 60 milhões de dólares. Os Dash 8 eram mais econômicos e confortáveis do que os antigos Fokker e caíram como uma luva na companhia. O primeiro deles, PT-TVB, chegou em dezembro de 1996, seguindo pelo PT-TVC em janeiro de 1997. As aeronaves eram equipadas com motores PW 123 – 300, os ideais para operar no clima quente Amazônico. Configurados para 29 passageiros, a TAVAJ esperava ter uma frota de 10 dos turboélices canadenses, o que não veio a acontecer.
Em 2003, a empresa tentou incorporar um ATR42, mas o fato não se concretizou.
No dia 20 de outubro de 2003, o Fokker 27 PT-TVA, veterano da frota da TAVAJ, se acidentou em Tarauacá após a roda dianteira da aeronave ter sido danificada por conta de uma irregularidade da pista, causando a perda de controle do Fokker. Não houve vítimas fatais, porém o PT-TVA jamais voltou a voar. Quase um mês depois, outro Fokker 27, o PT-LAH sofreu danos durante uma decolagem também em Tarauacá.
Em 2004, ocorreu um acidente de um Brasília (não pertencia a TAVAJ) em Manaus e o fato fez com que o DAC fosse mais rigoroso na fiscalização das empresas aéreas regionais. A TAVAJ não possuía simulador de voo naquela época para treinar os seus pilotos e o custo para o treinamento ficou muito alto, uma vez que a empresa teria que levar os seus tripulantes até a Holanda para realizar os treinamentos na Fokker. A empresa foi auditada pelo DAC e em 2004 encerrou suas operações, quando já havia transportado cerca de 14 mil passageiros, naquele ano.
A suspensão dos voos da TAVAJ deixou um vazio nas regiões em que a empresa era presente e também marcou a última operação regular de um Fokker 27 no Brasil.