É uma empresa de economia mista de capital fechado, com 99,9996% das ações detidas pelo Estado do Rio de Janeiro e 0,0004% por terceiros.
Tão logo se deu a sua implantação, ficou patente o desafio que se apresentava diante da nova empresa, já que fora a cidade do Rio, que se encontrava em situação confortável com relação a sua estrutura de abastecimento e saneamento, o interior fluminense e a nova região metropolitana por sua vez tinham uma estrutura bastante deficitária nesse sentido.
Optou-se então por aproveitar parte da estrutura existente, principalmente a montada no Rio Guandu, a Estação de Tratamento de Água, e que na época da fusão já atendia à cidade do Rio de Janeiro, para que esta fornecesse água para a Baixada Fluminense, em situação emergencial, mas que mostrou-se mais viável ao longo dos anos, pois veio a melhorar as condições de vida da população daquela região.
Nos demais municípios, foram implantadas redes de coleta de esgoto sanitário e abastecimento de água a medida da demanda e disponibilidade de recursos.
Em setembro de 1999 a CEDAE encerrou os serviços de abastecimento de água em Campos dos Goytacazes e novembro do mesmo ano, transferiu os serviços de abastecimento de água e esgotamento sanitário na Cidade de Niterói.
A Companhia opera estações de tratamento de água e de esgotos de vários portes.
A Estação de Tratamento de Esgotos da Barra da Tijuca é responsável pela operação e manutenção da maior Estação de Tratamento de águas do mundo com capacidade de tratar até 43m³ por segundo e atende aos municípios de Nilópolis, Nova Iguaçu, Duque de Caxias, Belford Roxo, São João do Meriti, Itaguaí, Queimados e Rio de Janeiro, capital.
A segunda maior Estação de Tratamento de Água operada é a do Laranjal, localizada no município de São Gonçalo, constituída de três estações interligadas, que tem como manancial supridor de água bruta os rios Guapiaçu e Macacu e com vazão nominal de 7 m³ por segundo.
Para o tratamento de esgotos opera estações como a da Alegria e da Barra da Tijuca.
Atualmente, a empresa é responsável pelo abastecimento de água tratada em 65 dos 92 municípios fluminenses e 17 com coleta de esgoto sanitário, atendendo cerca de 9 milhões das 15 milhões residentes no estado.
Em 1997, o governador do Rio de Janeiro Marcello Alencar incluiu a empresa no Programa Estadual de Desestatização, porém a proposta foi considerada ousada, propondo conceder mananciais de água do estado para duas firmas francesas de saneamento, além de reservas sobressalentes para uma firma dos Estados Unidos. Isso desencadeou uma crise política, culminando com a retirada da CEDAE do PED, e o indeferimento do processo de privatização pelo Supremo Tribunal Federal.